SoftDtwDistTslearn#
- class SoftDtwDistTslearn(normalized=False, gamma=1.0)[source]#
来自 tslearn 的软动态时间规整距离(Soft Dynamic Time Warping)。
直接接口调用
tslearn.metrics.cdist_soft_dtw和tslearn.metrics.cdist_soft_dtw_normalized。- 参数:
- normalized布尔值, 默认 = False
是否对 DTW 距离进行归一化。如果为
False,接口调用tslearn.metrics.cdist_soft_dtw。如果为True,接口调用tslearn.metrics.cdist_soft_dtw_normalized。- gamma浮点数 (默认 1.0)
Soft-DTW 的 Gamma 参数
- 属性:
is_fitted是否已调用
fit方法。
参考文献
[1]M. Cuturi, M. Blondel “Soft-DTW: a Differentiable Loss Function for Time-Series,” ICML 2017.
方法
__call__(X[, X2])计算距离/核矩阵,调用快捷方式。
check_is_fitted([method_name])检查估计器是否已拟合。
克隆()获取具有相同超参数和配置的对象的克隆。
clone_tags(estimator[, tag_names])将标签从另一个对象克隆为动态覆盖。
create_test_instance([parameter_set])使用第一个测试参数集构造类的实例。
create_test_instances_and_names([parameter_set])创建所有测试实例列表及其名称列表。
fit([X, X2])用于接口兼容性的拟合方法(内部无逻辑)。
get_class_tag(tag_name[, tag_value_default])从类中获取类标签值,具有来自父类的标签级别继承。
获取类标签()从类中获取类标签,具有来自父类的标签级别继承。
获取配置()获取自身的配置标志。
get_fitted_params([deep])获取已拟合参数。
获取参数默认值()获取对象的参数默认值。
get_param_names([sort])获取对象的参数名称。
get_params([deep])获取此对象的参数值字典。
get_tag(tag_name[, tag_value_default, ...])从实例获取标签值,具有标签级别继承和覆盖。
获取标签()从实例获取标签,具有标签级别继承和覆盖。
get_test_params([parameter_set])返回估计器的测试参数设置。
检查对象是否由其他 BaseObjects 组成。
load_from_path(serial)从文件位置加载对象。
load_from_serial(serial)从序列化内存容器加载对象。
重置()将对象重置为干净的初始化后状态。
save([path, serialization_format])将序列化的自身保存到字节类对象或到 (.zip) 文件。
set_config(**config_dict)将配置标志设置为给定值。
set_params(**params)设置此对象的参数。
set_random_state([random_state, deep, ...])设置自身的 random_state 伪随机种子参数。
set_tags(**tag_dict)将实例级别标签覆盖设置为给定值。
transform(X[, X2])计算距离/核矩阵。
计算距离/核矩阵的对角线。
- classmethod get_test_params(parameter_set='default')[source]#
返回估计器的测试参数设置。
- 参数:
- parameter_set字符串, 默认值=”default”
要返回的测试参数集的名称,用于测试。如果未为值定义特殊参数,则返回
"default"集。目前距离/核转换器没有保留值。
- 返回:
- params字典 或 字典列表, 默认 = {}
用于创建类的测试实例的参数。每个字典都是构造“有趣”测试实例的参数,即
MyClass(**params)或MyClass(**params[i])创建一个有效的测试实例。create_test_instance使用params中的第一个(或唯一)字典。
- check_is_fitted(method_name=None)[source]#
检查估计器是否已拟合。
检查
_is_fitted属性是否存在且为True。is_fitted属性应在调用对象的fit方法时设置为True。如果不是,则抛出
NotFittedError异常。- 参数:
- method_name字符串, 可选
调用此方法的名称。如果提供,错误消息将包含此信息。
- 抛出异常:
- 未拟合错误
如果估计器尚未拟合。
- clone()[source]#
获取具有相同超参数和配置的对象的克隆。
克隆是一个没有共享引用的不同对象,处于初始化后状态。此函数等同于返回
self的sklearn.clone。等同于使用
self的参数构造type(self)的新实例,即type(self)(**self.get_params(deep=False))。如果在
self上设置了配置,克隆对象也将具有与原始对象相同的配置,等同于调用cloned_self.set_config(**self.get_config())。其值也等同于调用
self.reset,不同之处在于clone返回一个新对象,而不是像reset那样改变self。- 抛出异常:
- 如果由于错误的
__init__导致克隆不符合规范,则抛出 RuntimeError。
- 如果由于错误的
- clone_tags(estimator, tag_names=None)[source]#
将标签从另一个对象克隆为动态覆盖。
每个
scikit-base兼容对象都带有一个标签字典。标签可用于存储对象的元数据,或控制对象的行为。标签是特定于实例
self的键值对,它们是对象构造后不会更改的静态标志。clone_tags从另一个对象estimator设置动态标签覆盖。}
clone_tags方法应仅在对象构造期间或直接通过__init__调用构造后,在对象的__init__方法中调用。动态标签被设置为
estimator中标签的值,名称由tag_names指定。tag_names的默认值将estimator中的所有标签写入self。当前标签值可以通过
get_tags或get_tag检查。- 参数:
- estimator:class:BaseObject 或派生类的实例
- tag_names字符串 或 字符串列表, 默认 = None
要克隆的标签名称。默认值 (
None) 克隆来自estimator的所有标签。
- 返回:
- self
对
self的引用。
- 类方法 create_test_instance(parameter_set='default')[源代码]#
使用第一个测试参数集构造类的实例。
- 参数:
- parameter_set字符串, 默认值=”default”
要返回的测试参数集的名称,用于测试。如果未为某个值定义特殊参数,则将返回 “default” 集。
- 返回:
- instance具有默认参数的类实例
- 类方法 create_test_instances_and_names(parameter_set='default')[源代码]#
创建所有测试实例列表及其名称列表。
- 参数:
- parameter_set字符串, 默认值=”default”
要返回的测试参数集的名称,用于测试。如果未为某个值定义特殊参数,则将返回 “default” 集。
- 返回:
- objscls 实例列表
第 i 个实例为
cls(**cls.get_test_params()[i])- names字符串列表,与 objs 长度相同
第 i 个元素是 objs 中第 i 个实例在测试中的名称。如果实例多于一个,命名约定为
{cls.__name__}-{i},否则为{cls.__name__}。
- 类方法 get_class_tag(tag_name, tag_value_default=None)[源代码]#
从类中获取类标签值,具有来自父类的标签级别继承。
每个
scikit-base兼容对象都有一个标签字典,用于存储有关对象的元数据。get_class_tag方法是一个类方法,仅考虑类级别的标签值和覆盖来检索标签的值。它返回对象中名为
tag_name的标签值,并考虑标签覆盖,优先级按降序排列如下:在类的
_tags属性中设置的标签。在父类的
_tags属性中设置的标签,
按继承顺序排列。
不考虑实例上通过
set_tags或clone_tags设置的动态标签覆盖。要检索可能带有实例覆盖的标签值,请改用
get_tag方法。- 参数:
- tag_name字符串
标签值的名称。
- tag_value_default任意类型
如果未找到标签,则使用的默认/回退值。
- 返回:
- tag_value
self中tag_name标签的值。如果未找到,则返回tag_value_default。
- 类方法 get_class_tags()[源代码]#
从类中获取类标签,具有来自父类的标签级别继承。
每个
scikit-base兼容对象都带有一个标签字典。标签可用于存储对象的元数据,或控制对象的行为。标签是特定于实例
self的键值对,它们是对象构造后不会更改的静态标志。get_class_tags方法是一个类方法,仅考虑类级别的标签值和覆盖来检索标签的值。它返回一个字典,其键是类或其任何父类中设置的任何
_tags属性的键。值是相应的标签值,覆盖的优先级按降序排列如下:
在类的
_tags属性中设置的标签。在父类的
_tags属性中设置的标签,
按继承顺序排列。
实例可以根据超参数覆盖这些标签。
要检索可能带有实例覆盖的标签,请改用
get_tags方法。不考虑实例上通过
set_tags或clone_tags设置的动态标签覆盖。要包含来自动态标签的覆盖,请使用
get_tags。- collected_tags字典
标签名称:标签值对的字典。通过嵌套继承从
_tags类属性收集。不被通过set_tags或clone_tags设置的动态标签覆盖。
- get_config()[源代码]#
获取自身的配置标志。
配置是
self的键值对,通常用作控制行为的临时标志。get_config返回动态配置,该配置覆盖默认配置。默认配置在类或其父类的类属性
_config中设置,并通过set_config设置的动态配置进行覆盖。配置在
clone或reset调用期间保留。- 返回:
- config_dict字典
配置名称:配置值对的字典。通过嵌套继承从 _config 类属性收集,然后包含来自 _onfig_dynamic 对象属性的任何覆盖和新标签。
- get_fitted_params(deep=True)[源代码]#
获取已拟合参数。
- 所需状态
需要状态为“已拟合 (fitted)”。
- 参数:
- deep布尔值,默认为 True
是否返回组件的拟合参数。
如果为 True,将返回此对象的参数名称:值字典,包括可拟合组件(= BaseEstimator 类型参数)的拟合参数。
如果为 False,将返回此对象的参数名称:值字典,但不包括组件的拟合参数。
- 返回:
- fitted_params键为字符串的字典
拟合参数字典,paramname : paramvalue 键值对包括
始终:此对象的所有拟合参数,通过
get_param_names获取,值是此对象该键的拟合参数值如果
deep=True,还包含组件参数的键/值对,组件参数通过[componentname]__[paramname]索引。componentname的所有参数都以paramname形式出现,并带有其值。如果
deep=True,还包含任意级别的组件递归,例如[componentname]__[componentcomponentname]__[paramname]等。
- 类方法 get_param_defaults()[源代码]#
获取对象的默认参数。
- 返回:
- default_dict: dict[str, Any]
键是
cls中在__init__中定义了默认值的所有参数。值是__init__中定义的默认值。
- 类方法 get_param_names(sort=True)[源代码]#
获取对象的参数名称。
- 参数:
- sort布尔值,默认为 True
是否按字母顺序 (True) 或按它们在类的
__init__中出现的顺序 (False) 返回参数名称。
- 返回:
- param_names: list[str]
cls的参数名称列表。如果sort=False,则按它们在类的__init__中出现的相同顺序排列。如果sort=True,则按字母顺序排列。
- get_params(deep=True)[源代码]#
获取此对象的参数值字典。
- 参数:
- deep布尔值,默认为 True
是否返回组件的参数。
如果为
True,将返回此对象的参数名称:值dict,包括组件(=BaseObject类型参数)的参数。如果为
False,将返回此对象的参数名称:值dict,但不包括组件的参数。
- 返回:
- params键为字符串的字典
参数字典,paramname : paramvalue 键值对包括
始终:此对象的所有参数,通过
get_param_names获取,值是此对象该键的参数值,值始终与构造时传入的值相同。如果
deep=True,还包含组件参数的键/值对,组件参数通过[componentname]__[paramname]索引。componentname的所有参数都以paramname形式出现,并带有其值。如果
deep=True,还包含任意级别的组件递归,例如[componentname]__[componentcomponentname]__[paramname]等。
- get_tag(tag_name, tag_value_default=None, raise_error=True)[源代码]#
从实例获取标签值,具有标签级别继承和覆盖。
每个
scikit-base兼容对象都带有一个标签字典。标签可用于存储对象的元数据,或控制对象的行为。标签是特定于实例
self的键值对,它们是对象构造后不会更改的静态标志。get_tag方法从实例中检索名称为tag_name的单个标签的值,并考虑标签覆盖,优先级按降序排列如下:在实例上通过
set_tags或clone_tags设置的标签,
在实例构建时设置的标签。
在类的
_tags属性中设置的标签。在父类的
_tags属性中设置的标签,
按继承顺序排列。
- 参数:
- tag_name字符串
要检索的标签名称。
- tag_value_default任意类型,可选;默认为 None
如果未找到标签,则使用的默认/回退值
- raise_error布尔值
未找到标签时是否引发
ValueError
- 返回:
- tag_value任意类型
self中tag_name标签的值。如果未找到,并且raise_error为 True,则会引发错误,否则返回tag_value_default。
- 抛出异常:
- ValueError,如果
raise_error为True。 如果
tag_name不在self.get_tags().keys()中,则会引发ValueError。
- ValueError,如果
- get_tags()[源代码]#
从实例获取标签,具有标签级别继承和覆盖。
每个
scikit-base兼容对象都带有一个标签字典。标签可用于存储对象的元数据,或控制对象的行为。标签是特定于实例
self的键值对,它们是对象构造后不会更改的静态标志。get_tags方法返回一个标签字典,其键是类或其任何父类中设置的任何_tags属性的键,或者通过set_tags或clone_tags设置的标签。值是相应的标签值,覆盖的优先级按降序排列如下:
在实例上通过
set_tags或clone_tags设置的标签,
在实例构建时设置的标签。
在类的
_tags属性中设置的标签。在父类的
_tags属性中设置的标签,
按继承顺序排列。
- 返回:
- collected_tags字典
标签名称:标签值对的字典。通过嵌套继承从
_tags类属性收集,然后包含来自_tags_dynamic对象属性的任何覆盖和新标签。
- is_composite()[源代码]#
检查对象是否由其他 BaseObjects 组成。
复合对象是包含其他对象作为参数的对象。在实例上调用,因为这可能因实例而异。
- 返回:
- composite: 布尔值
对象是否有任何参数的值是
BaseObject的派生实例。
- 属性 is_fitted[源代码]#
是否已调用
fit方法。检查对象的
_is_fitted` 属性,该属性在对象构建期间应初始化为 ``False,并在调用对象的 fit 方法时设置为 True。- 返回:
- 布尔值
估计器是否已 fit(拟合)。
- 类方法 load_from_path(serial)[源代码]#
从文件位置加载对象。
- 参数:
- serialZipFile(path).open(“object”) 的结果
- 返回:
- 反序列化的 self,产生
cls.save(path)在path处的输出。
- 反序列化的 self,产生
- 类方法 load_from_serial(serial)[源代码]#
从序列化内存容器加载对象。
- 参数:
- serial
cls.save(None)输出的第一个元素
- serial
- 返回:
- 反序列化的 self,产生
cls.save(None)的输出serial。
- 反序列化的 self,产生
- reset()[源代码]#
将对象重置为干净的初始化后状态。
结果是将
self设置为其在构造函数调用后立即具有的状态,并保留相同的超参数。通过set_config设置的配置值也会保留。一个
reset调用会删除任何对象属性,除了超参数 =
__init__的参数,写入self,例如self.paramname,其中paramname是__init__的参数。包含双下划线(即字符串“__”)的对象属性。例如,名为“__myattr”的属性会被保留。
配置属性,配置会原封不动地保留。也就是说,
reset前后get_config的结果是相同的。
类和对象方法以及类属性也不受影响。
等同于
clone,但reset会修改self,而不是返回一个新对象。在调用
self.reset()后,self的值和状态将等于通过构造函数调用``type(self)(**self.get_params(deep=False))`` 获得的对象。- 返回:
- self
重置为干净的初始化后状态但保留当前超参数值的类实例。
- save(path=None, serialization_format='pickle')[源代码]#
将序列化的自身保存到字节类对象或到 (.zip) 文件。
行为:如果
path为 None,则返回内存中的序列化 self;如果path是文件位置,则将 self 存储在该位置为 zip 文件。保存的文件是 zip 文件,包含以下内容:_metadata - 包含 self 的类,即 type(self) _obj - 序列化的 self。此类别使用默认序列化(pickle)。
- 参数:
- pathNone 或文件位置(字符串或 Path)
如果为 None,则 self 被保存到内存对象;如果为文件位置,则 self 被保存到该文件位置。如果
path=”estimator”,则会在当前工作目录创建
estimator.zipzip 文件。path=”/home/stored/estimator”,则会在
/home/stored/中
存储
estimator.zipzip 文件。- serialization_format: 字符串,默认为 “pickle”
用于序列化的模块。可用选项为“pickle”和“cloudpickle”。请注意,非默认格式可能需要安装其他软依赖项。
- 返回:
- 如果
path为 None - 内存中的序列化 self - 如果
path是文件位置 - 引用该文件的 ZipFile
- 如果
- set_config(**config_dict)[源代码]#
将配置标志设置为给定值。
- 参数:
- config_dict字典
配置名称:配置值对的字典。有效配置、值及其含义如下:
- display字符串,“diagram”(默认)或“text”
jupyter kernel 如何显示 self 的实例
“diagram” = html 框图表示
“text” = 字符串打印输出
- print_changed_only布尔值,默认为 True
打印 self 时是仅列出与默认值不同的 self 参数 (True),还是列出所有参数名称和值 (False)。不嵌套,即仅影响 self,不影响组件估计器。
- warnings字符串,“on”(默认)或“off”
是否引发警告,仅影响 sktime 的警告。
“on” = 将引发来自 sktime 的警告
“off” = 不会引发来自 sktime 的警告
- backend:parallel字符串,可选,默认为“None”
广播/向量化时用于并行化的后端,选项之一:
“None”:顺序执行循环,简单的列表推导式
“loky”、“multiprocessing”和“threading”:使用
joblib.Parallel“joblib”:自定义和第三方
joblib后端,例如spark“dask”:使用
dask,需要环境中包含dask包“ray”:使用
ray,需要环境中包含ray包
- backend:parallel:params字典,可选,默认为 {}(未传递参数)
作为配置传递给并行化后端的附加参数。有效键取决于
backend:parallel的值。“None”:无附加参数,
backend_params被忽略。“loky”、“multiprocessing”和“threading”:默认
joblib后端,这里可以传递joblib.Parallel的任何有效键,例如n_jobs,但backend除外,它由backend直接控制。如果未传递n_jobs,它将默认为-1,其他参数将默认为joblib默认值。“joblib”:自定义和第三方
joblib后端,例如spark。这里可以传递joblib.Parallel的任何有效键,例如n_jobs,在这种情况下,backend必须作为backend_params的键传递。如果未传递n_jobs,它将默认为-1,其他参数将默认为joblib默认值。“dask”:可以传递
dask.compute的任何有效键,例如scheduler。“ray”:可以传递以下键:
“ray_remote_args”:
ray.init的有效键字典- “shutdown_ray”:布尔值,默认为 True;False 可防止
ray 在并行化后关闭。
- “shutdown_ray”:布尔值,默认为 True;False 可防止
“logger_name”:字符串,默认为“ray”;要使用的日志记录器的名称。
“mute_warnings”:布尔值,默认为 False;如果为 True,则抑制警告。
- 返回:
- selfself 的引用。
Notes
更改对象状态,将 config_dict 中的配置复制到 self._config_dynamic。
- set_params(**params)[源代码]#
设置此对象的参数。
该方法适用于简单的 skbase 对象和复合对象。对于复合对象(即包含其他对象的对象),可以使用参数键字符串
<component>__<parameter>来访问组件<component>中的<parameter>。如果引用是明确的,例如没有两个组件参数同名<parameter>,也可以使用不带<component>__的字符串<parameter>。- 参数:
- **params字典
BaseObject 参数,键必须是
<component>__<parameter>字符串。如果 get_params 键中唯一,__后缀可以作为完整字符串的别名。
- 返回:
- selfself 的引用(参数设置后)
- set_random_state(random_state=None, deep=True, self_policy='copy')[源代码]#
设置自身的 random_state 伪随机种子参数。
通过
self.get_params查找名为random_state的参数,并通过set_params将它们设置为从random_state通过sample_dependent_seed导出的整数。这些整数通过链式哈希进行采样,并保证种子随机生成器之间的伪随机独立性。根据
self_policy应用于self中的random_state参数,并且仅当deep=True时应用于其余组件对象。注意:即使
self没有random_state参数,或者没有任何组件具有random_state参数,也会调用set_params。因此,set_random_state将重置任何scikit-base对象,即使是没有random_state参数的对象。- 参数:
- random_state整数、RandomState 实例或 None,默认为 None
控制随机整数生成的伪随机数生成器。传递整数可在多次函数调用中获得可重现的输出。
- deep布尔值,默认为 True
是否在 skbase 对象值参数(即组件估计器)中设置 random state。
如果为 False,则仅设置
self的random_state参数(如果存在)。如果为 True,则也会设置组件对象中的
random_state参数。
- self_policy字符串,{“copy”, “keep”, “new”} 之一,默认为“copy”
“copy” :
self.random_state设置为输入random_state“keep” :
self.random_state保持不变“new” :
self.random_state设置为新的 random state,
从输入
random_state导出,通常与输入不同。
- 返回:
- selfself 的引用
- set_tags(**tag_dict)[源代码]#
将实例级别标签覆盖设置为给定值。
每个
scikit-base兼容对象都有一个标签字典,用于存储有关对象的元数据。标签是实例
self特有的键值对,它们是静态标志,在对象构建后不会更改。它们可用于元数据检查或控制对象的行为。set_tags将动态标签覆盖设置为tag_dict中指定的值,其中键为标签名称,字典值为要设置的标签值。set_tags方法应仅在对象的__init__方法中,或通过__init__直接在构建后调用。当前标签值可以通过
get_tags或get_tag检查。- 参数:
- **tag_dict字典
标签名称:标签值对的字典。
- 返回:
- Self
self 的引用。
- transform(X, X2=None)[源代码]#
计算距离/核矩阵。
- 行为:返回 X 和 X2(如果未传入则等于 X)中样本之间的成对距离/核矩阵。
between samples in X and X2 (equal to X if not passed)
- 参数:
- XSeries 或 Panel,任何支持的 mtype,包含 n 个实例
- 要转换的数据,python 类型如下:
Series: pd.Series, pd.DataFrame, 或 np.ndarray (1D 或 2D) Panel: 带有 2 级 MultiIndex 的 pd.DataFrame,pd.DataFrame 列表,
嵌套 pd.DataFrame,或长/宽格式的 pd.DataFrame
- 受 sktime mtype 格式规范的约束,更多详情请参见
examples/AA_datatypes_and_datasets.ipynb
- X2Series 或 Panel,任何支持的 mtype,包含 m 个实例
可选,默认值:X = X2
- 要转换的数据,python 类型如下:
Series: pd.Series, pd.DataFrame, 或 np.ndarray (1D 或 2D) Panel: 带有 2 级 MultiIndex 的 pd.DataFrame,pd.DataFrame 列表,
嵌套 pd.DataFrame,或长/宽格式的 pd.DataFrame
- 受 sktime mtype 格式规范的约束,更多详情请参见
examples/AA_datatypes_and_datasets.ipynb
X 和 X2 不需要具有相同的 mtype。
- 返回:
- distmat: np.array,形状为 [n, m]
(i,j) 位置的条目包含 X[i] 和 X2[j] 之间的距离/核。
- transform_diag(X)[源代码]#
计算距离/核矩阵的对角线。
行为:返回 X 中样本的距离/核矩阵的对角线。
- 参数:
- XSeries 或 Panel,任何支持的 mtype,包含 n 个实例
- 要转换的数据,python 类型如下:
Series: pd.Series, pd.DataFrame, 或 np.ndarray (1D 或 2D) Panel: 带有 2 级 MultiIndex 的 pd.DataFrame,pd.DataFrame 列表,
嵌套 pd.DataFrame,或长/宽格式的 pd.DataFrame
- 受 sktime mtype 格式规范的约束,更多详情请参见
examples/AA_datatypes_and_datasets.ipynb
- 返回:
- diag: np.array,形状为 [n]
第 i 个条目包含 X[i] 和 X[i] 之间的距离/核。